تتم إدارة الجامعة الوطنية للبناء والأشغال العمومية من طرف مجلس إداري يتكون من التالي:
- رئيس مُنتخب من قبل الجمع العام العادي
- إداريون مُنتخبون من قبل الجمع العام
- رؤساء الجمعيات العاملة في القطاع والتابعة إلى الجامعة الوطنية للبناء والأشغال العمومية
- رؤساء المكاتب الجهوية للجامعة الوطنية للبناء والأشغال العمومية
- رؤساء اللجان الدائمة في الجامعة الوطنية للبناء والأشغال العمومية
- أعضاء مُنتقُون من مجلس الإدارة بناءً على اقتراح الرئيس