La FNBTP est administrée par un Conseil d’Administration composé comme suit:
- Le président élu par l’assemblée générale ordinaire
- Des administrateurs élus par l’assemblée générale
- Des présidents des associations sectorielles affiliées à la FNBTP
- Des présidents des bureaux régionaux de la FNBTP
- Des présidents des commissions permanentes de la FNBTP
- Des membres cooptés par le Conseil d’Administration sur proposition du président